康熙幼年智勇双全除鳌拜的故事一直是历史文学作品里的热门主题，虽说是一朝之君，但小小年纪如何清除顽党，或许幕后的推手才是不可缺失的角色。
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玄烨继位后，四辅臣“担当国事，裁决庶务；入白太后，则别无可否，惟唯诺而已。”可见孝庄放手使用，四辅臣权力很大。加之缺乏监督、约束的机制，辅臣中个别人逐步走上结党营私、擅权乱政之路。
玄烨年龄还小，对此自然难以应付，但政治经验丰富的孝庄，却不露声色地密切注视事态发展，在继续任用辅臣的同时，采取了一些防患于未然的措施。康熙四年（1665年）九月初八日，禀照祖母慈谕，12岁的玄烨举行大婚典礼，索尼的儿子内大臣噶布喇之女赫舍里氏正位中宫，遏必隆之女落选，成为皇妃。
在为孙儿择立皇后时，孝庄舍去遏必隆之女，选中赫舍里氏，旨在防范鳌拜借镶黄旗之女成为皇后之机，进一步扩大实力，同时也是针对主幼臣骄的情况，对清朝元老索尼及其家族予以荣宠的笼络措施。孝庄此举还改变了皇太极和福临时期，皇后莫不出自蒙古博尔济吉特氏的惯例。这并不意味着忽视满蒙贵族联姻政策，而是从巩固皇权、安定政局的现实需要出发，反映出这位杰出女性的战略眼光与灵活策略。
康熙五年（1666年），发生圈换土地事件。鳌拜在索尼、遏必隆支持下，将清朝入关初期圈占土地时分配给镶黄旗与正白旗的土地，强行互换，并再次圈占大量土地，致使广大农民流离失所，加剧了满汉民族矛盾。三辅臣还不顾玄烨的反对，矫诏将反对此举的大学士管户部事务苏纳海（正白旗）等三名大臣处死，造成一大冤案。这一事件说明，鳌拜并未领会孝庄的包容苦心，在擅权乱政路上愈走愈远。因此，孝庄也相应采取了进一步措施。
康熙八年（1669年）五月十六日，鳌拜奉召进宫，旋即被卫队擒拿，其主要党羽也先后被逮捕归案。考虑到鳌拜以往的功绩，玄烨对他予以宽大处理，免死，籍没家产，终身监禁；对其众多追随者，也只处死最主要的几人，其余一律宽免；就连遏必隆也被免罪，仅革去太师，后又给还公爵，值宿内廷，恢复对他的信任，从而团结了镶黄旗。
铲除鳌拜集团这场惊心动魄的政治较量，是玄烨君临天下后，祖母对他的一次关键性指导与帮助。当时，玄烨年仅16岁，还缺乏足够的智谋与经验。若无祖母的指教，他很难在亲政后第三年，便一举铲除这一把持朝政多年、势力颇大的宗派集团，稳妥、彻底，不留后患。显然，鳌拜集团存在时间愈长，对清朝的危害愈大，势必积重难返；如果玄烨的治国方针受到阻挠，三藩之乱将更加旷日持久，康乾盛世的出现也会大大推迟了。
